Египет придобива особено значение в християнската история още със самото начало на земния живот на Спасителя. По повеля от ангел Господен, Йосиф Обручник завежда Светото семейство в Египет, за да се скрият от преследването на цар Ирод (Мат. 2:13–15). Така Египет става първата земя, приютила Христос, и символично се превръща в първата нееврейска страна, осветена от Неговото присъствие. Християнското предание пази множество места в Египет, свързани с това бягство – от Матариа край Кайро до Асют и Горен Египет.
След Петдесетница християнството пуска дълбоки корени в Египет, и особено в Александрия, където според древното предание св. ап. Марк създава първата християнска общност и става първият епископ. Александрийската църква бързо става един от най-големите духовни и богословски центрове на древния свят, наред с Антиохия и Рим. Там се създава и Александрийската богословска школа – люлка на велики отци на Църквата като св. Климент Александрийски, св. Атанасий Велики и св. Кирил Александрийски.
Пророчествата на пророците Исаия (Ис. 19:1), Йеремия (Йер. 46:20, 24) и Йезекиил (Йез. 32:11–12; Йез. 29:9) относно падането на Египет като земна сила се изпълняват в исторически план, но след това Египет възкръсва като “земя на спасението”, “врата към пустинната святост” и пазител на преданията на древната Църква.