Казвайки, че искрено любящият истината човек не се бои „делата му да станат явни”, Христос отправя известен упрек към Никодим, който е считал себе си за човек, който цени истината (срв. стих 2), а същевременно се е страхувал, че неговата постъпка – посещението на Христос – ще бъде разкрити и затова е дошъл при Христос чак през нощта. Този упрек очевидно е подействал на Никодим, защото след това той започнал даже да защитава Христос в Синедриона (Йоан 7:50) и е взел участие в погребението на Му (Йоан 19:38 – 40). Преданието съобщава, че след възкресението на Христос той е бил кръстен от апостол Петър и Йоан и е завършил живота си с мъченическа смърт (паметта му се празнува на 2 август).

Във втората половина на главата става дума за дейността на Христос в Юдея. Тази дейност е била необикновено успешна и учениците на Кръстителя даже почувствали завист към Христос (стихове 22 – 26). След това е дадено последното свидетелство на Кръстителя за Христос. Отначало Кръстителят говори за себе си и своето отношение към Христос (стихове 27 – 30), а след това за божественото достойнство на Личността на Господа Иисус Христос  (стихове 31 – 36).