Сега Христос започва да учи Никодим на онова, което той не е научил от Писанието, макар и да е могъл да научи. Най-напред Той съжалява за недостига на вяра у Никодим и цялото учено равинско съсловие.

„Ние“. Никъде в Евангелията Христос не говори за Себе Си в множествено число, следователно тук Той освен Себе Си има предвид някой друг. Кого ли? Своите ученици? Не, учениците Му още не са се проявявали като проповедници с Него. Най-естествено е тук да видим препратка към Йоан Кръстител, който по онова време с успех продължавал своята дейност (Йоан 3:23 и сл.). Дейността на Йоан и дейността на Христос – това са двете стъпала на едно Божие откровение. Двамата са достойни за доверие свидетели, защото говорят за онова, което са видели (Йоан, разбира се, в състояние на пророческо вдъхновение – срв. Йоан 1:34: „и видях и свидетелствувах“, а Христос по силата на Своето непрекъсваемо общение с Отец Йоан 1:18). Въпреки това Никодим и други подобни на него „не приемат“ свидетелството на Йоан и Христос. Така става ясно, че Христос не признава вярата заради знаменията, която мнозина от присъстващите на Пасха в Йерусалим са проявили, за истинска вяра: по-скоро тя може да се нарече неверие!